El Museo Nacional de Arte Moderno "Carlos Mérida", llamado originalmente Museo Nacional de Historia y Bellas Artes, fue creado por Acuerdo Gubernativo No. 1623 de fecha 15 de enero de 1935.

Inicialmente ocupó el antiguo Templo del Calvario, que estaba ubicado en la cima del cerro situado al final de la 6ta avenida y 18 calle de la zona 1 de la ciudad de la Nueva Guatemala de la Asunción, demolido en el año de 1947 como consecuencia de la prolongación de la 6ta avenida, se traslada todo el legado artístico e histórico que constituían el patrimonio a un local de la finca nacional "La Aurora"  y a los museos de Antigua Guatemala.

En 1953, con motivo de celebrarse la Feria Nacional los organizadores de dicho evento tuvieron la afortunada idea de reorganizar el Museo, habiendo escogido el edificio donde en ese entonces existía un destacamento de la Policía Nacional por considerarlo el más adecuado del área.

En 1957,  se desalojó dicho edificio para crearse en ese lugar el Instituto Cívico Militar Adolfo V. Hall.

Los objetos históricos y artísticos que en dicho museo se exhibían fueron almacenados en otro de los salones vecinos, donde fue instalado posteriormente, permaneciendo en dicho lugar hasta el año de 1968, cuando por gestiones realizadas por el Instituto de Antropología e Historia, la Sociedad de Amigos del Museo y la propia Dirección del mismo, se logró el traslado a un lugar más seguro y es donde actualmente se encuentra ubicado el Edificio No. 06.

En 1975, por discposición del Ministerio de Educación y el Instituto de Antropología e Historia se verificó la separación del material histórico que venía exhibiéndose en este Museo para crear el Museo Nacional de Historia de Guatemala.  A partir de esa fecha el antiguo Museo de Historia y Bellas Artes, tomó la denominación de "Museo Nacional de Arte Moderno de Guatemala" siendo este, en ese entontes una dependencia del Instituto de Antropología e Historia del Viceministerio de Cultura del Ministerio de Educación, hoy Ministerio de Cultura y Deportes.

Este edificio fue construido en 1953 por el Arquitecto Roberto Moreno, originalmente para celebrar bailes de la Feria de Noviembre, dedicadas al General Jorge Unico.

Tiene su nombre en honor al maestro Carlos Mérida, uno de los principales exponentes de la plástica guatemalteca moderna y uno de los más grantes y talentosos artistas latinoamericanos, connotado pintor y muralista.

Actualmente cuenta con una sala de exposiciones permanentes de la obra de Carlos Mérida, dos salas de exposición permanente del patrimonio plástico del Museo, una sala de exposiciones temporales, biblioteca, videoteca y visitas guiadas.